Жанна Малярова, добрый день!
спецификация, как я понимаю, это приложение к договору, где указана цена товара?
согласно п. 14 Приложения № 18 к Договору о ЕАЭС "
Для целей уплаты НДС налоговая база определяется на дату принятия на учет у налогоплательщика импортированных товаров (но не позднее срока, установленного законодательством государства-члена, на территорию которого импортируются товары)
на основе стоимости приобретенных товаров (в том числе товаров, являющихся результатом выполнения работ по договору (контракту) об их изготовлении), а также товаров, полученных по договору (контракту) товарного кредита (товарного займа, займа в виде вещей), товаров, являющихся продуктом переработки давальческого сырья, и акцизов, подлежащих уплате по подакцизным товарам.
Стоимостью приобретенных товаров (в том числе товаров, являющихся результатом выполнения работ по договору (контракту) об их изготовлении)
является цена сделки, подлежащая уплате поставщику за товары (работы, услуги)
согласно условиям договора (контракта)."
Цитата: Может ли такое несовпадение повлиять на дальнейший вычет ндс, налоговая може отказать в своем уведомлении?
так что здесь больше вопрос не в вычете НДС, а в том, что вы на каком-то основании скорее всего "занизили" сумму ввозного НДС.
документы, указанные в п. 20 Приложения № 18 к Договору о ЕАЭС, подаются в налоговую не для вычета, а для обоснования суммы, подлежащей уплате при ввозе импортного товара.